Trans-etkili bir lncRNA olan Pantr2, nöral progenitörlerin in vivo farklılaşma potansiyelini modüle eder
Uzun kodlamayan RNA’nın (lncRNA) ablasyonu pantr2 kortikogenezin bir nakavt murin modelinde mikrosefali ile sonuçlanır, ancak kullanılan kesin mekanizmalar bilinmemektedir. olduğuna dair kanıtlar sunuyoruz. pantr2 hem in vivo hem de in vitro olarak gen ekspresyonunu ve kromatin erişilebilirliğini düzenleyen trans-etkili bir lncRNA’dır. ektopik ifadesinin olduğunu gösteriyoruz. pantr2 Bir nöroblastom hücre hattında, farklılaşan koşullar altında gen ekspresyonunu değiştirir ve hem fonksiyon kaybı hem de kazanç pantr2 hücre döngüsü dinamiklerinde değişikliklere neden olur. Hem transkripsiyon faktörünün ifadesini gösteriyoruz Nfix ve hücre döngüsü düzenleyicisi rgcc tarafından olumsuz olarak düzenlenir pantr2. RNA bağlayıcı protein motif analizini ve mevcut CLIP-seq verilerini kullanarak, potansiyel HuR ve QKI bağlanma bölgelerine açıklama ekleriz. pantr2ve HuR’nin doğrudan bağlanmadığını gösterin pantr2 RNA immünopresipitasyon deneyi kullanılarak. Son olarak, Gen Ontology zenginleştirme analizini kullanarak, kaybın ardından hem Notch hem de Wnt sinyallemesindeki bozulmayı tespit ediyoruz. pantr2 ifade, potansiyeli gösteren pantr2bu yolların bağımlı regülasyonu.
