Çalışmalar

Heterojen veri kümelerinden fare beyninin hücresel bileşimini tahmin etmek için bir yöntem

Fare beyni, gen ekspresyon paternleri ile karakterize edilen zengin çeşitlilikte inhibitör nöron tipleri içerir. Bununla birlikte, bu hücre türlerinin fare beynine nasıl dağıldığı hala belirsizdir. Fare beyni boyunca farklı inhibitör nöron türlerinin yoğunluklarını tahmin etmek için bir hesaplama yöntemi geliştirdik. Yöntemimiz, haritalanmamış beyin bölgeleri için engelleyici nöron yoğunluklarını tahmin etmek için çeşitli ve farklı veri kümelerinin tek bir çerçeveye tarafsız entegrasyonuna izin verir. Tahminlerimizi daha önce hesaplanmış beyin çapında nöron yoğunluklarına, gen ekspresyon verilerine dayanarak sınırladık. sitede Literatürde bildirilen çok çeşitli değerlerle birlikte hibridizasyon görüntüsü yığınları. Kısıtlı optimizasyon kullanarak, farklı inhibitör nöron tipleri için hücre yoğunluklarının tutarlı tahminlerini türettik. Fare beynindeki tüm nöronların %20,3’ünün engelleyici olduğunu tahmin ediyoruz. Tüm inhibitör nöronlar arasında, %18’i ağırlıklı olarak parvalbumin (PV), %16’sı somatostatin (SST) eksprese eder, %3’ü vazoaktif intestinal peptidi (VIP) eksprese eder ve geri kalan %63’ü artık GABAerjik popülasyona aittir. Daha fazla literatür değeri entegre edildikçe yoğunluk tahminlerimizin geliştiğini görüyoruz. Boru hattımız genişletilebilir, yeni hücre türlerinin veya verilerin kullanılabilir hale geldikçe entegre edilmesine olanak tanır. Boru hattımızın verileri, algoritmaları, yazılımı ve sonuçları herkese açıktır ve Mavi Beyin Hücresi Atlası’nı günceller. Bu nedenle bu çalışma, araştırma topluluğunu, her beyin bölgesindeki her hücre tipinin sayıları üzerinde toplu olarak bir araya getirmek için kullanır.

Yazının devamına buradan ulaşabilirsiniz

İlgili Makaleler

Başa dön tuşu